Alcune delle biblioteche che compongono il Sistema bibliotecario e documentale d'Ateneo conservano localmente diverse collezioni librarie di pregio (acquisite per lo più grazie a lasciti e donazioni), tra cui particolarmente rilevanti sono quelle di:

• libri antichi (incunaboli, cinquecentine e altri volumi rari)
• fonti di storia e cultura lombarda
• pubblicazioni della Pontificia Accademia delle Scienze
• pubblicazioni ONU
• pubblicazioni FAO
• opere di lingua e cultura cinese
• opere di storia delle scienze matematiche e fisiche
• opere di storia della Resistenza bresciana
• opere di storia dell'educazione in Italia
• opere provenienti dai Paesi slavi

Le opere comprese in queste collezioni sono di norma escluse dal prestito, ma possono essere consultate secondo le modalità stabilite dalla singola biblioteca UCSC che le conserva.

Alcune Biblioteche custodiscono inoltre documenti archivistici di carattere culturale (carteggi, materiali di studio, appunti, bozze), per lo più conferiti da donatori che hanno identificato l’Università Cattolica come luogo privilegiato per la loro conservazione e valorizzazione. Parallelamente acquisiscono a volte carte di soggetti produttori diversi, allo scopo di incrementare e diversificare le raccolte.

Alle collezioni speciali sono dedicati anche i seguenti siti web: