Le biblioteche che compongono il Sistema bibliotecario e documentale d'Ateneo conservano localmente diverse collezioni librarie di pregio (acquisite per lo più grazie a lasciti e donazioni), tra cui particolarmente rilevanti sono quelle di:

• libri antichi (incunaboli, cinquecentine e altri volumi rari), nelle Biblioteche di Milano e Brescia
• fonti di storia e cultura lombarda, nella Biblioteca di Milano
• pubblicazioni della Pontificia Accademia delle Scienze, nella Biblioteca di Roma
• pubblicazioni ONU, nella Biblioteca di Milano
• pubblicazioni FAO, nella Biblioteca di Piacenza
• opere di lingua e cultura cinese, nella Biblioteca di Milano
• opere di storia delle scienze matematiche e fisiche, nella Biblioteca di Brescia
• opere di storia della Resistenza bresciana, nella Biblioteca di Brescia
• opere di storia dell'educazione in Italia, nella Biblioteca di Brescia
• opere provenienti dai Paesi slavi, nella Biblioteca di Milano

Le opere comprese in queste collezioni sono di norma escluse dal prestito, ma possono essere consultate secondo le modalità stabilite dalla singola biblioteca UCSC che le conserva.

Alcune Biblioteche custodiscono inoltre raccolte di documenti archivistici di carattere culturale (carteggi, materiali di studio, appunti, bozze), per lo più conferiti da donatori che hanno identificato l’Università Cattolica come luogo privilegiato per la loro conservazione e valorizzazione. Parallelamente acquisiscono a volte carte di soggetti produttori diversi, allo scopo di incrementare e diversificare le raccolte.

Alle collezioni speciali e agli archivi culturali sono dedicati i seguenti siti web: