La biblioteca è costituita da 4 Sezioni per un totale di 6 Sale di Consultazione ubicate, secondo l'interesse, due presso la Facoltà (Istituti Biologici), due presso il Policlinico, una presso i Corsi della Facoltà di Economia e una nella Sezione distaccata di Campobasso, presso il Centro di Ricerca e Formazione ad Alta Tecnologia nelle Scienze Biomediche "Giovanni Paolo II".

Il materiale bibliografico relativo alla Facoltà di Medicina e Chirurgia ed Odontoiatria è collocato per materia secondo la classificazione della National Library of Medicine, della quale sono appesi dei pannelli esplicativi nelle Sale.

La maggior parte del posseduto trova la propria collocazione in scaffali aperti, con accessibilità diretta da parte degli utenti, fatta eccezione del materiale più datato che trova collocazione presso i depositi.