La collezione di papiri (identificati con la sigla P.Med. = Papyri Mediolanenses) si è costituita in momenti diversi del secolo scorso. Al primo nucleo di 12 esemplari se ne aggiunsero altri 300 circa provenienti dalla donazione Castelli. Gli acquisti successivi hanno incrementato la collezione fino all'attuale migliaio di pezzi, tutti di provenienza egiziana, per la maggior parte scritti in greco e in piccola parte in ieratico e copto. Tra i papiri greci se ne contano una quarantina fra biblici, liturgici, letterari e semiletterari, mentre tutti gli altri sono documentari.

Alla collezione di papiri si aggiunge altro materiale antico, tutto in lingua greca proveniente dall'Egitto:

• una piccola collezione di ostraca
• tre tabelle lignee scritte in greco, di cui una liturgica
•  circa duecento bolli d'anfora
• sei iscrizioni greche

Tutto il materiale sopra indicato risale alle epoche tolemaica, romana e bizantina (secoli III a.C. - VII d.C.).